Un investigador de l’IMEDEA (CSIC-UIB) participa en una proposta de nomenclatura oficial per a les espècies de microorganismes procariotes que es detecten per tècniques moleculars i que fins ara no s'han conreat en el laboratori

 

Bacteris i arqueus són dos dels tres dominis de la vida en la Terra que engloben els organismes unicel·lulars que no tenen nucli cel·lular, també coneguts com a procariotes. El sistema actual de classificació d'aquests organismes només accepta que es denominin espècies noves si almenys un representant ha crescut en el laboratori en forma de cultiu pur (monocultiu), i si són accessibles per a la comunitat científica. Aquesta és la regla més controvertida del Codi Internacional de Nomenclatura de Procariotes (sigles en anglès, ICNP) i és un requisit que sempre ha estat problemàtic per als microbiòlegs que estudien procariotes en la naturalesa.  

En un article publicat recentment a la revista Nature Microbiology, un consorci internacional de científics, entre els quals hi ha el doctor Ramon Rosselló Mora, investigador de l’IMEDEA (CSIC-UIB), proposa un codi de nomenclatura nou que substitueixi l'actual, que és anàrquic i que complica la comunicació interna de la comunitat científica. El codi nou facilitaria que els investigadors poguessin conèixer, classificar, identificar i compartir la biodiversitat del món microbià.

A la dècada de 1980, els microbiòlegs varen començar a utilitzar tècniques moleculars per mostrejar i estudiar l'ADN de microorganismes directament en el seu hàbitat. La diversitat dels hàbitats d'aquests microorganismes va des dels oceans gelats de la Terra fins a les perforacions subterrànies més profundes, així com els microbiomes d'animals i de plantes, incloent-hi els associats a la superfície de la pell, la mucosa oral i el tracte intestinal humans, entre d’altres. Els últims quaranta anys, la tecnologia ha millorat tant que ja es pot conèixer el genoma d'un microorganisme sense ni tan sols haver-lo vist. No obstant això, i malgrat que es detecten centenars de milers d’espècies noves sense ser cultivades, seguint les regles de l’ICNP, no n’hi ha cap que pugui ser denominada oficialment, ja que no se’n disposa d'un cultiu pur viable, una premissa gairebé impossible per a la immensa majoria.

Aquesta situació podria canviar gràcies a la proposta dels investigadors. A l'article, els científics argumenten la necessitat de modernitzar les regulacions existents, adaptar-les a les observacions que permeten les noves tecnologies i, per tant, poder nomenar nous tàxons de procariotes sense haver de cultivar-los. Per això, han proposat dos camins a seguir. D'una banda, revisar l'ICNP actual, que permeti incloure espècies no cultivades, les quals serien representades per la informació en la seqüència dels seus genomes. O, com a alternativa, proposen de crear un sistema de nomenclatura alternatiu per a organismes no cultivats, que en un futur podria servir tant per als que es cultiven com per als que no, i finalment fusionar-se amb el sistema tradicional en algun moment en el futur.

Ramon Rosselló Móra, de l’IMEDEA, un dels investigadors principals d'aquest consorci, recalca la importància de «classificar i nomenar tota la diversitat procariota sense haver de passar pel cultiu en el laboratori, i que a mitjà termini s'aconsegueixi catalogar la gran majoria d'espècies de la biosfera, de la qual actualment només hem denominat l'1 per cent del total real».

En aquest projecte també han participat Silvia G. Acinas, de l'Institut de Ciències del Mar de Barcelona (ICM-CSIC), Carlos Pedrós Alió, del Centre Nacional de Biotecnologia (CNB-CSIC), María Asunción de los Ríos, del Museu Nacional de Ciències Naturals (MNCN-CSIC), i Víctor Parro, del Centre d'Astrobiologia (CAB-CSIC-INTA), tots centres pertanyents al CSIC.

L'article i els plans proposats pel consorci internacional estan encaminats a implementar una estratègia d'avanç amb un dels dos plans proposats, involucrant-hi en paral·lel els microbiòlegs que ja han contribuït a aquesta declaració de consens i d’altres que estan disposats a fer-ho. «En aquest moment, és un camp emocionant, perquè descrivim la diversitat de la vida a la Terra i descobrim talls nous, tal com els científics ho feien al segle XIX, quan encara es descobrien organismes molt més grossos», afirma Alison Murray, professora de Recerca de Biologia a l’Institut de Recerca del Desert (Desert Research Institute, DRI), a Reno (EUA), i una de les líders del consorci. «Poder representar la diversitat d'organismes no conreats coneguts per les seves seqüències genòmiques en un llenguatge comú és increïblement important».

Font: IMEDEA (CSIC-UIB)

Referència bibliogràfica

Murray, A. E, Rosselló Mora, R., Acinas, S. G., de los Ríos, M. A., Parro, V., Pedrós Alió, C. et al. (2020).Roadmap for naming uncultivated Archea and Bacteria. A Nature Microbiology. doi: https://doi.org/10.1038/s41564-020-0733-x

Data de publicació: 11/06/2020