La tesi doctoral de Merit del Rocío Mora Ruiz investiga els patrons biològics de les comunitats microbianes basats en un enfocament filogenètic més detallat 

Els microorganismes constitueixen la major part de la riquesa del planeta, i els estudis actuals han ampliat dràsticament la nostra comprensió de la biodiversitat. Particularment, la microbiologia d'ambients extrems com els hàbitats àcids o hipersalins ha estat un tema de recerca científica de molt interès, ja que s'assemblen a les condicions hipotètiques de l'origen de la vida. Els hàbitats hipersalins són considerats ambients extrems a causa de les seves condicions extremes: alta salinitat, radiació UV i temperatura. No obstant això, organismes dels tres dominis de la vida: Bacteria, Archaea i Eukarya són presents en abundància en aquests hàbitats. En la tesi doctoral de Merit del Rocío Mora Ruiz, defensada a la Universitat de les Illes Balears, s'analitzen les comunitats microbianes que habiten en diferents ambients, incloent salmorres i sediments de diferents salines al voltant del món, així com les comunitats microbianes associades a plantes i animals, utilitzant com a unitat biològica la unitat filogenètica operativa (OPU). L'enfocament de l'OPU és el nucli central de la tesi de Merit del Rocío Mora, i per tant, s'ha utilitzat com a base per dilucidar la biodiversitat, la connectivitat entre comunitats i la influència dels paràmetres ambientals en l'assemblatge microbià.

Al llarg d'aquesta tesi s'han utilitzat diferents tècniques que combinen mètodes dependents del cultiu (per exemple, WC-MALDI-TOF/MS) i mètodes independents del cultiu (454-pyrosequencing). A més, s'utilitzen diferents eines estadístiques com tècniques multivariants i xarxes de coocurrència per estudiar les variacions espacials entre comunitats microbianes.

Una part important de l'estudi se centra en les comunitats microbianes associades euhalòfites. Els resultats confirmaren que la majoria de les comunitats epífites i endofítiques són principalment halòfils moderats i en menor proporció mesòfils. També s'evidencia un efecte de distància geogràfica en les comunitats microbianes i, a més, la influència dels paràmetres fisicoquímics dels sòls rizosfèrics. Igualment, aquesta tesi inclou el primer informe d'Archaea endòfites mitjançant tècniques de seqüenciació, microscopia i cultius. 

En termes generals, els resultats varen mostrar una forta dominància de membres dels fílums Euryarchaeota, Proteobacteria, Bacteroidetes i Firmicutes. No obstant això, es varen detectar variacions en tàxons específics, tant en Archaea com en Bacteria, a diferents escales espacials (per exemple, la diferenciació espacial de comunitats en salines distants). Addicionalment es va trobar diversitat nova en els ambients analitzats.

Algunes de les aplicacions biotecnològiques derivades d'aquesta tesi inclouen la identificació de certes soques amb activitat promotora del creixement vegetal en una espècie model de planta, que podria ser utilitzada com a biofertilizant. A més, les bases de dades obtingudes en aquest treball es varen utilitzar en una anàlisi global sobre la idoneïtat de l'OPU sobre l'enfocament tradicional d'OTU. Les eines utilitzades en aquest treball varen produir un ampli paisatge de diversitat microbiana, especialment en ambients hipersalins. Els resultats d'aquesta tesi són un pas endavant en la comprensió de la diversitat i els patrons biològics de les comunitats microbianes basats en un enfocament filogenètic més detallat.

Fitxa de la tesi doctoral

• Títol: Evaluation of the OPU approach in hypersaline environments
• Autora: Merit del Rocío Mora Ruiz
• Programa de doctorat: Microbiologia Ambiental i Biotecnologia
• Departament: Biologia
• Directors: Ramon A. Rosselló Mora i Alejandro Orfila Förster 

Data de publicació: 05/10/2017